/dev/stdin を使います。
$ cat input.sql | \
docker exec -i sqlserver \
/opt/mssql-tools/bin/sqlcmd -S localhost -U <username> -P <password> -d <database> -i /dev/stdin
/dev/stdin を使います。
$ cat input.sql | \
docker exec -i sqlserver \
/opt/mssql-tools/bin/sqlcmd -S localhost -U <username> -P <password> -d <database> -i /dev/stdin